上海第二医科大学附属第九人民医院的前身“伯特利医院”创建于1920年。1952年更名为上海第九人民医院，1964年正式成为上海第二医科大学附属第九人民医院。至今已走过八十多年辉煌的历史。
九院位于上海市中心城区黄浦区，东临地铁m8线，南靠中山环路高架，与浦东隔江相望，2010年上海世博会近在咫尺，交通十分便利。是一所以口腔、整复外科和骨科为特色的内、外科为基础的具有较强综合实力的集医、教、研为一体的三级甲等综合性教学医院。九院又是上海第二医科大学口腔医学院和九院临床医学院教学基地。还设有上海市口腔医学研究所、上海市整复外科研究所、上海市组织工程研究中心和上海市生物材料研究测试中心。1991年来已连续六届被上海市人民政府授予市文明单位。
规模全院核定病床757张，口腔综合椅位160张。设有28个临床科室和15个医技部门。医务员工2000余人。其中副主任医师、副教授职称以上的人员240余名。现拥有3位中国工程院院士：中国工程院院士、著名整复外科专家张涤生教授，中国工程院院士、著名口腔颌面外科专家邱蔚六教授，中国工程院院士、著名骨科专家戴戎教授。
他们曾分别创立国内3个“第一”：第一例颅颌面手术矫治先天性头颅畸形、第一例颅颌面联合根治术治疗晚期口腔颌面部恶性肿瘤、第一例定制型人工髋关节置换术。拥有著名口腔颌面外科专家、我国口腔颌面外科学创始人之一、国际牙医学院大师张锡泽教授。还拥有第一个获得美国整形外科医师协会最高奖项——詹姆斯？培雷特勃朗大奖的亚洲人、曾引起国际医学界震撼的“裸鼠背上长人耳”的国家重点基础研究规划项目（973计划）首席科学家曹谊林教授。
九院现为上海市临床口腔医学中心、上海市整复外科临床医学中心和上海市关节外科临床医学中心建设单位。也是上海市口腔医学临床质量控制中心、上海市医疗美容质量控制中心单位。
口腔医学现为国家级重点学科。其中口腔颌面外科是上海市重点学科、国家“211工程”重点建设学科；口腔内科是上海市医学领先学科，卫生部临床药理基地之一；口腔修复科是上海第二医科大学重点学科；口腔正畸科是院级重点学科。整复外科是我国整复外科学的创始单位，现为国家“211工程”重点建设学科、上海市教委重点学科。
骨科是上海市教委重点学科，在国际、国内享有较高声誉。血管外科、眼科、麻醉科等院级重点学科也在竞争中崛起。骨科、血管外科还列入国家“211工程”外科学重点学科建设。
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