该院成立于2003年3月。成立之初，就把医院的市场定位和服务方向定位为：面对低收入的农民、城市居民和困难户，以低廉的收费为他们提供优质的服务。同时，为新疆各族眼病患者营造良好的医疗环境，以优质的服务、低廉的价格、精湛的医疗技术赢得了广大患者的信赖，使患者能够看得起并住得起院。建院以来共诊治门诊病人3.5万人次，开展手术4000余台，每年要做免费手术40台，参加扶贫手术300余台次。
因此，两次得到自治区人民政府的表彰，并授予甫拉提眼科医院自治区“十五”残疾人康复先进集体称号。院长甫拉提在注重医院基础建设的同时，引进先进设备，不断培养人才，提高手术质量，使住院病人逐年增加。
该院拥有国内外领先的进口设备。如日本产手术显微镜2台、国产的4台，眼底血管荧光造影机1台、美国产532激光1台，还有电脑验光仪、超声乳化仪等等高端仪器。已开展白内障超声乳化术、人工晶体植入术、青光眼手术、斜视矫正术等数百例。
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